Os sintomas variam de pessoa a pessoa de acordo com a quantidade de lactose ingerida. Alguns dos pacientes conseguem ingerir leite ou derivados em um intervalo de dias sem ter os sintomas, já outros ingerem um copo de leite e começam a passar mal.
Algumas pessoas evitam ou não gostam do leite, mesmo sem se darem conta que são assim porque o leite e derivados lhes faz mal.
Alguns dos sintomas mais comuns: ruídos abdominais, barriga inchada produção de gases além do normal, diarreia líquida, acompanhada de cólicas, pode ocorrer ardência anal e assadura isso porque a acidez fecal passa a ser intensa (pH 6,0).
A maioria dos pacientes que só tem intolerância a lactose, não tem evidências de desnutrição, ou perda de peso, se isso ocorrer, pode haver a associação da intolerância com outras doenças gastrointestinais.